Komunikaty systemowe (System Messages) odnoszą się do całego systemu, a nie do konkretnego kanału MIDI, dlatego bajt sterujący tych komunikatów nie zawiera informacji o numerze kanału. Możemy wyróżnić następujące Komunikaty systemowe: Komunikaty wspólne (System Common Messages), Komunikaty synchronizacji czasu rzeczywistego (System Real Time Messages), Komunikaty niestandardowe (System Exclusive Messages) oraz Komunikaty specjalne (System Reserved Messages).
Komuniaty wspólne są przeznaczone dla wszystkich odbiorników w systemie. Komunikaty synchronizacji czasu rzeczywistego są wykorzystywane do synchronizacji pomiędzy instrumentami i urządzeniami MIDI wykorzystującymi zegar (clock-based MIDI components). Komunikaty niestandardowe zawierają kod identyfikujący producenta (Manufacturer’s ID code) i używane są do transferu dowolnych porcji danych w formacie określonym przez danego producenta.